Stosując peptydy często spotykamy się ze wskaźnikami czystości i zawartości peptydów. Wiele osób może się zastanawiać, dlaczego ich czystość peptydu wynosi 95%, ale zawartość peptydu to tylko 80%. Dzieje się tak dlatego, że są to dwa zupełnie różne pojęcia.
Czystość peptydu: Czystość peptydu odnosi się do ilości docelowego peptydu wykrytej przy 214 nm (214 nm to długość fali absorpcji łańcucha peptydowego) przy użyciu analizy HPLC.
Zawartość peptydów: odnosi się do odsetka peptydów w stosunku do-substancji niepeptydowych w próbce.
Czystość peptydu odnosi się do zawartości docelowego peptydu wykrywanej metodą HPLC przy 214 nm (214 nm to długość fali absorpcji łańcucha peptydowego). Oprócz peptydu docelowego, HPLC może wykryć zanieczyszczenia, w tym: sekwencje usunięte (w sekwencjach docelowych brakuje jednej lub więcej reszt aminokwasowych), sekwencje skrócone (sekwencje wygenerowane podczas zabezpieczania) i sekwencje niecałkowicie odblokowane (powstające w procesie syntezy lub w procesie końcowego rozszczepienia). Jednakże metodą HPLC nie można wykryć wody ani pozostałości soli, takich jak trifluorooctan (TFA) i octan. Podczas syntezy peptydów sekwencja peptydowa jest odcinana od żywicy za pomocą TFA, a podczas oczyszczania wytwarzana jest również niewielka ilość TFA. Dlatego wolny koniec aminowy i inne łańcuchy boczne peptydu, takie jak Arg, Lys i His, mogą generować niewielkie ilości zanieczyszczeń TFA. Kolejnym problemem jest wilgoć. Peptydy są zwykle odwadniane za pomocą liofilizacji, ale mimo to woda będzie występować w różnym stopniu, w zależności od kowalencyjnej zdolności wiązania. Dlatego dostarczane peptydy zazwyczaj zawierają sole TFA i śladowe ilości wody, które są niewykrywalne metodą HPLC, co prowadzi do różnic w zawartości i czystości peptydów.
